davidr语言go david nunan语言学家

David数据库是以R语言运算的吗

是的。

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由于R会把数据读入内存中,因此这对于处理和分析小型数据集很合适。R可以使用两大标准访问数据库,即ODBC和JDBC。JDBC(又称Java数据库连接)由一系列Java实现的类和接口组成,它们允许Java和数据库间直接通信。

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

如何从众多go生物学分析中选取出需要的生物过程

1 如果肯下功夫,可以通过R语言获得基因本体论以及通路富集数据并将其可视化,所用的R包可以是GOSim(GO分析),或者clusterprofiler(GOKEGG)

2 cytoscape 的插件cluego可以傻瓜式实现通路的图片展示,可以用来直接发文章(低分的至少可以)

3 关于GO和KEGG数据的获得,上DAVID就好

R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO,当然少不了KEGG了。

同样的,我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果。

对于KEGG,我比较喜欢做气泡图,这样用两种形式的图结合在一起,效果更丰富更好看一点。


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