使用python怎么提取文件的指定列-创新互联

这期内容当中小编将会给大家带来有关使用python怎么提取文件的指定列,文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述,阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

创新互联建站致力于互联网网站建设与网站营销,提供网站设计制作、成都网站设计、网站开发、seo优化、网站排名、互联网营销、小程序开发、公众号商城、等建站开发,创新互联建站网站建设策划专家,为不同类型的客户提供良好的互联网应用定制解决方案,帮助客户在新的全球化互联网环境中保持优势。

之前用featureCount 处理得到结果,要提出第一列gene_id 和 readcount 列,首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行,没有用,用bash批量删掉。

for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done

删除当前文件夹下所有文件第一行。

其实提出两列很简单,不过我受够了每次一个文件执行一次的烦。想搞成别的程序调用时命令行参数直接就行。第一次知道sys.argv这玩意,学到了。

我设置了 -i 输入,-o 输出 这两个参数来判断输入输出文件个数,不过对于错误命令行输入的判断还很欠缺,毕竟只有自己用。

上代码:

import sys
leng=len(sys.argv)
for i in range(leng): # index the input file and output file location,maybe it's too complex
 if sys.argv[i]=="-i":
 it=i
 if sys.argv[i]=="-o":
 out=i
for i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file)
 print(sys.argv[i])
 file=open(sys.argv[i],'r')
 f=open(sys.argv[i+out-it],'w')
 count=[]
 for lines in file.readlines():
 two=[]
 lines=lines.rstrip('\n')
 b=lines.split('\t')
 two.append(b[0])
 if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem
  b[6]="count"
 two.append(b[6])
 s='\t'.join(two)
 f.write(s+'\n')
 f.close

上述就是小编为大家分享的使用python怎么提取文件的指定列了,如果刚好有类似的疑惑,不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识,欢迎关注创新互联成都网站设计公司行业资讯频道。

另外有需要云服务器可以了解下创新互联scvps.cn,海内外云服务器15元起步,三天无理由+7*72小时售后在线,公司持有idc许可证,提供“云服务器、裸金属服务器、高防服务器、香港服务器、美国服务器、虚拟主机、免备案服务器”等云主机租用服务以及企业上云的综合解决方案,具有“安全稳定、简单易用、服务可用性高、性价比高”等特点与优势,专为企业上云打造定制,能够满足用户丰富、多元化的应用场景需求。


本文标题:使用python怎么提取文件的指定列-创新互联
网页网址:http://scyanting.com/article/djsehs.html