【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

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☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图

当富集分析完成，拿到如下的分析结果后，就可以进行作图了。

富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认出图实在是太丑，所以还是自己动手修改修改。

一、常规柱状图（ggplot2）

横轴为gene counts，或者用-logP也行，填充相应的用P值或者gene counts。ggplot画图的好处就是可以进行很多调整。

二、常规气泡图（ggplot2）

气泡图与柱状图如出一辙，只是在展示方式上出现了差别。一个用geom_bar()函数，气泡图类似于散点图用geom_point()函数。

三、上下调同时展示（ggplot2）

很多时候研究者拿到差异基因后，上下调基因是分别富集的，在展示上需要同时体现二者，我们之前提到metascape可以做到： 转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具 ，除此之外，之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果： 复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图 。这里我们继续提供一种bar图的展示方式。将down的数值调整为负，做一列分组，就可以展示了。

当然了，以上所说的可视化还是比较常规，在基础上可以自己做调整。也有一些文章总是标新立意，有很多奇特的展现方式，我们会在之后的系列中讲解。

go语言简体中文编码包怎么用

二进制包安装的话：如果安装在了默认位置例如/usr/local/go (Windows系统：c:\Go)这个时候可以不需要设置GOROOT，如果改变了安装的这个默认目录，那么就需要设置GOROOT

GOROOT的概念有点Go安装目录的意思

GOPATH是一个开发环境目录的意思，下面必须包含bin、pkg、src，然后再src下面新建项目就可以了

你在没有设置GOPATH的情况下，也可以把项目建在GOROOT/src下面，其实和GOPATH的概念类似

4.1 Go语言中包(Packages)基础知识

先看一下目录结构，注意这里的src名称是必须的，go在设置了GOPATH后，默认会添加src去寻找package，暂未查询是否有方法不按照src查询

根据上面的描述，Go语言中通过包中函数的名称来区分公共函数和私有函数，我们在main函数中是无法调用myPrivateFunc的

此时如果执行通过go run方式执行，会看到如下的提示信息，这与大部分语言对于包管理方式相关，所以我们通过两种不同的方法来让代码执行起来

返回如下，这里面对我们后续执行有影响的两个参数GO111MODULE和GOPATH

如果要使用gopath模式引用包，则需要关闭mod模式

设置GOPATH为当前路径，即main.go所在的路径

此时再查看go env时，GOPATH已经发生改变

我们再次尝试执行代码

可以看到public函数被调用

新闻名称：go语言绘图包 go语言 画图
文章源于：http://scyanting.com/article/doecpoo.html