【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

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☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

如果要开发pc程序，开发的是一款可视化的开发工具，学什么编程语言比较好？

非编程篇/可直接上手的工具

1. Excel

Excel是最容易上手的图表工具，善于处理快速少量的数据。结合数据透视表，VBA语言，可制作高大上的可视化分析和dashboard仪表盘。

单表或单图用Excel制作是不二法则，它能快速地展现结果。但是越到复杂的报表，excel无论在模板制作还是数据计算性能上都稍显不足，任何大型的企业也不会用Excel作为数据分析的主要工具。

2. 可视化 BI（Power BI \Tableau \ 帆软FineBI等等）

也许是Excel也意识到自己在数据分析领域的限制和眼下自助分析的趋势，微软在近几年推出了BI工具Power BI。同可视化工具Tableau和国内帆软的BI工具一样，封装了所有可能分析操作的编程代码，操作上都是以点击和拖拽来实现，几款工具的定位稍有不同。

Power BI

最大的明显是提供了可交互、钻取的仪表板，利用Power Pivot可直接生产数据透视报告，省去了数据透视表。

Tableau

可视化图表较为丰富，堪称一等， 操作更为简单。

帆软FineBI

企业级的BI应用，实用性较强，因2B市场的大热受到关注。千万亿级的数据性能可以得到保证，业务属性较重，能与各类业务挂钩。

对于个人，上手简单，可以腾出更多的时间去学习业务逻辑的分析。

编程篇

对于寻求更高境界数据分析师或数据科学家，如果掌握可视化的编程技巧，就可以利用数据做更多的事情。熟练掌握一些编程技巧，赋予数据分析工作更加灵活的能力，各种类型的数据都能适应。大多数设计新颖、令人惊艳的数据图几乎都可以通过代码或绘图软件来实现。

与任何语言一样，你不可能立刻就开始进行对话。要从基础开始，然后逐步建立自己的学习方式。很可能在你意识到之前，你就已经开始写代码了。关于编程最酷的事情在于，一旦你掌握了一门语言，学习其他语言就会更加容易，因为它们的逻辑思路是共通的。

1. Python语言

Python 语言最大的优点在于善于处理大批量的数据，性能良好不会造成宕机。尤其适合繁杂的计算和分析工作，而且，Python的语法干净易读，可以利用很多模块来创建数据图形比较受IT人员的欢迎。

利用 Python 生成的图表

2. PHP语言

PHP这个语言松散却很有调理，用好了功能很强大。在数据分析领域可以用php做爬虫，爬取和分析百万级别的网页数据，也可与Hadoop结合做大数据量的统计分析。

因为大部分 Web 服务器都事先安装了 PHP 的开源软件，省去了部署之类的工作，可直接上手写。

比如 Sparkline（微线表）库，它能让你在文本中嵌入小字号的微型图表，或者在数字表格中添加视觉元素，就像下面这张图一样：

利用 PHP 图形函数库生成的微线表

一般 PHP会和 MySQL 数据库结合使用，这使它能物尽其用，处理大型的数据集。

3. HTML、JavaScript 和 CSS语言

很多可视化软件都是基于web端的，可视化的开发，这几类语言功不可没。而且随着人们对浏览器工作越来越多的依赖，Web 浏览器的功能也越来越完善，借助 HTML、JavaScript 和 CSS，可直接运行可视化展现的程序。

可交互日历，同时也是用户使用 your.flowingdata 的热度图

不过还是有几点需要注意。由于相关的软件和技术还比较新，在不同浏览器中你的设计可能在显示上会有所差别。在 Internet Explorer 6 这类老旧的浏览器中，有些工具可能无法正常运行。比如一些银行单位仍旧使用着IE，无论是自己使用还是开发的时候都要考虑这样的问题。

4. R语言

R语言是绝大多数统计学家最中意的分析软件，开源免费，图形功能很强大。

谈到R语言的历史，它是专为数据分析而设计的，面向的也是统计学家，数据科学家。但是由于数据分析越来越热门，R语言的使用也不瘦那么多限制了。

R的使用流程很简洁，支持 R 的工具包也有很多，只需把数据载入到 R 里面，写一两行代码就可以创建出数据图形。比如利用 Portfolio 工具包快速创建出如下的板块层级图。

比如热度图

最难的开发语言

第十名、R语言

R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R基于S语言的一个GNU计划项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。R的语法是来自Scheme。

提名词

R语言作者，George Ross Ihaka：在奥克兰大学统计系任副教授，是R语言的最初作者。

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第九名、Python

颁奖词

Python是一种广泛使用的高级编程语言，属于通用型编程语言。作为一种解释型语言，Python的设计哲学强调代码的可读性和简洁的语法。相比于C++或Java，Python让开发者能够用更少的代码表达想法。不管是小型还是大型程序，该语言都试图让程序的结构清晰明了。

提名词

Python语言作者，Guido van Rossum：生于荷兰哈勒姆，计算机程序员，为Python程序设计语言的最初设计者及主要架构师。

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第八名、C语言

颁奖词

C是一种通用的编程语言，广泛用于系统软件与应用软件的开发。C语言具有高效、灵活、功能丰富、表达力强和较高的可移植性等特点。C语言编译器普遍存在于各种不同的操作系统中，例如Microsoft Windows、macOS、Linux、Unix等。C语言的设计影响了众多后来的编程语言，例如C++、Objective-C、Java、C#等。

提名词

C语言作者，Dennis MacAlistair Ritchie：美国计算机科学家。黑客圈子通常称他为“dmr”。他是C语言的创造者、Unix操作系统的关键开发者，对计算机领域产生了深远影响，并与肯·汤普逊同为1983年图灵奖得主。

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第七名、Go

颁奖词

Go（又称Golang）是Google开发的一种静态强类型、编译型、并发型，并具有垃圾回收功能的编程语言。Go的语法接近C语言，但对于变量的声明有所不同。Go支持垃圾回收功能。

提名词

Go语言作者，Robert C. Pike：来自加拿大的程序员，曾经加入贝尔实验室，为 UNIX小组的成员。他与肯·汤普逊共同开发了UTF-8。目前为 google的工程师，参与编程语言 Go与Sawzall的研发工作。

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第六名、JavaScript

颁奖词

JavaScript，通常缩写为JS，是一种高级的，解释执行的编程语言。JavaScript是一门基于原型、函数先行的语言，是一门多范式的语言，它支持面向对象编程，命令式编程，以及函数式编程。它已经由ECMA（欧洲计算机制造商协会）通过ECMAScript实现语言的标准化。它被世界上的绝大多数网站所使用，也被世界主流浏览器（Chrome、IE、Firefox、Safari、Opera）支持。

提名词

JavaScript语言作者，Brendan Eich：美国程序员与企业家，JavaScript主要创造者与架构师，曾任Mozilla公司的首席技术官，并曾短暂担任首席执行官。

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第五名、Objective-C

颁奖词

Objective-C是一种通用、高级、面向对象的编程语言。它扩展了标准的ANSI C编程语言，将Smalltalk式的消息传递机制加入到ANSI C中。目前主要支持的编译器有GCC和Clang（采用LLVM作为后端）。

提名词

Objective-C作者，Brad Cox：美国计算机科学家。于傅尔曼大学主修化学与数学，于芝加哥大学取得数学生物学博士学位。Objective-C主要作者。

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第四名、PHP

颁奖词

PHP（全称：PHP：Hypertext Preprocessor，即“PHP：超文本预处理器”）是开源的通用计算机脚本语言，尤其适用于网络开发并可嵌入HTML中使用。PHP的语法借鉴吸收C语言、Java和Perl等流行计算机语言的特点，易于一般程序员学习。PHP的主要目标是允许网络开发人员快速编写动态页面，但PHP也被用于其他很多领域。

提名词

PHP语言作者，Rasmus Lerdorf：出生于格陵兰岛凯凯塔苏瓦克，是一个丹麦程序员，他拥有加拿大国籍。他也是编程语言PHP的创始人，其中PHP的头两个版本是由他编写的，后来他也参与PHP后续版本的开发。

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第三名、Java

颁奖词

Java是一种广泛使用的计算机编程语言，拥有跨平台、面向对象、泛型编程的特性，广泛应用于企业级Web应用开发和移动应用开发。Java编程语言是个简单、面向对象、分布式、解释性、健壮、安全与系统无关、可移植、高性能、多线程和动态的语言。

提名词

Java语言作者，James Gosling：出生于加拿大，软件专家，Java编程语言的共同创始人之一，一般公认他为“Java之父”。

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第二名、C++

颁奖词

C++是一种使用广泛的计算机程序设计语言。它是一种通用程序设计语言，支持多重编程模式，例如过程化程序设计、数据抽象、面向对象程序设计、泛型程序设计和设计模式等。

提名词

C++语言作者，Bjarne Stroustrup：生于丹麦奥胡斯郡，计算机科学家。他以创造C++编程语言而闻名，被称为“C++之父”。

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第一名、Visual Basic .NET

颁奖词

Visual Basic .NET（VB.NET）是.NET Framework框架下的一种多重编程范式高级语言。Visual Basic .NET属Basic系语言，其语法特点是以极具亲和力的英文单词为基础标识，以及与自然语言极其相近的逻辑表达，有时候你会觉得写VB.NET代码就好像在写英文句子一样，从这个角度来说，VB.NET似乎是最高级的一门编程语言，当然在Basic系语言中VB.NET也确实是迄今为止最强大的一门编程语言。

提名词

Visual Basic .NET作者，Alan Cooper：交互设计的提倡者。库珀有些时候被叫做 Visual Basic 之父，虽然大多数的工作是由微软的内部开发团队完成的，但是对于Windows可视化设计工具的创意是来源于库珀的。

近几年有哪些编程语言？

现在最流行的计算机语言有：1、JavaJava是广受欢迎的编程语言，90％的财富500强公司都大量使用这一语言。Java那句广为人知的口号“一次编写，处处运行”也体现出Java价值的关键所在—强大的Java虚拟机使得Java具有跨平台兼容性。目前流行的Java职业路径包括后端开发员、大数据开发员，嵌入式系统工程师或安卓开发员，Java的使用频率非常高，以至于我们几乎可以断定它在未来十年甚至更长时间内都不会过时。也就是说，你可以放心，无论是你当前所处的城市，还是遥远的某个地方，都会有大量的Java工作职位，所以，如果你觉得Java方向不错，那么学好Java技术，找到合适的职位指日可待。2、JavaScript根据Stack Over Flow年度调查数据显示，有62.5%的受访者声称自己使用的是 JavaScript。Stack Over Flow的联合创始人Jeff Atwood也是一位知名度很高的编程者，他曾说过：“任何可以用JavaScript编写的应用程序都将用JavaScript来编写。”记住这句话，我们可以肯定的一点是，2018年以及未来的那些年，都不会缺少 JavaScript编程人员的工作机会。JavaScript知识与包括Angular、React、Ember 和 Backbone 等在内的许多前端框架以及Node.js运行时环境相通，让你可以更高效的在后端运行JavaScript。据Stack Over Flow数据统计，2017年流行的前4个框架中，有3个是建立在JavaScript基础之上。3、PythonPython是一种通用语言，现在几乎在任何地方，你都可以找到它，无论是网络应用程序、桌面应用程序、网络服务器，还是机器学习以及媒体工具等。像NASA和谷歌这样的大公司也都使用这一编程语言，Python的发明者Guido van Rossum在谷歌工作了八年的时间，工作主要就是编写Python。Python代码整洁、可读性高，并且结构清晰，适当的缩进并不仅仅是为了美观，而是决定了代码的执行。像Django和Flask等基于Python的Web开发框架已经变得越来越受欢迎。除此之外，该语言还配备了很多高质量的机器学习和数据分析库，包括Scikit-learn和Pandas等。总体来说，Python的职业发展道路非常多样化，对于刚进入编程领域的开发人员来说是一个不错的选择，因为它易于读取，易于理解。值得一提的是，Python是新手友好型语言，即使没有编程基础的人，学习Python，也能做出程序，但在实际工作上，还需要更高的编程基础，才能更好地发挥Python的作用。合肥望江路北大青鸟的Java课程包含了JavaScript技能，所以参加Java培训，获得的是Java和JavaScript两项热门技能，编程基础扎实了，之后学习Python就变得更简单易上手，可谓一举三得。

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