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【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

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☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图

当富集分析完成,拿到如下的分析结果后,就可以进行作图了。

富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图,但是公司默认出图实在是太丑,所以还是自己动手修改修改。

一、常规柱状图(ggplot2)

横轴为gene counts,或者用-logP也行,填充相应的用P值或者gene counts。ggplot画图的好处就是可以进行很多调整。

二、常规气泡图(ggplot2)

气泡图与柱状图如出一辙,只是在展示方式上出现了差别。一个用geom_bar()函数,气泡图类似于散点图用geom_point()函数。

三、上下调同时展示(ggplot2)

很多时候研究者拿到差异基因后,上下调基因是分别富集的,在展示上需要同时体现二者,我们之前提到metascape可以做到: 转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具 ,除此之外,之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果: 复现《nature communications》图表(四):ggplot画多组富集气泡图 。这里我们继续提供一种bar图的展示方式。将down的数值调整为负,做一列分组,就可以展示了。

当然了,以上所说的可视化还是比较常规,在基础上可以自己做调整。也有一些文章总是标新立意,有很多奇特的展现方式,我们会在之后的系列中讲解。

怎么用origin做go分析图

1、首先打开origin图,可以看到一个表格,分别写上标题、单位、注释和作图的数据。

2、可以直接在origin表格中输入数据或者通过excel表格粘贴到表格中。

3、直接选中X、Y轴要作图的数据。点击表格下方图形类型的快捷按钮,可以得到所要做的图形;或者点击Plot制作图形。

4、得到图形,根据需要还可以改变图形的类型以及对图形进行设置等等。

go画图为什么没有折点

软件设置。go画图是一个非常强大、好用的绘图库软件。该软件为更好的方便用户的使用,提高用户的办事效率,所以该软件中出现没有折点是由于软件设置所导致的。并且该软件凭借其齐全的功能受到很多用户的喜欢青睐。


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