r语言气泡图对数据格式的要求

1、过程分为以下几步：1)模拟丰度矩阵；2)模拟分组；3)标准化丰度；4)调整格式；5)ggplot2绘制堆叠图、冲积图、分面、分组、堆叠面积图。

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2、地图所需数据：全国地图GIS文件 气泡图所需数据：城市名称，经度，维度，具体数值，如图 将图分解开来，发现是地图+气泡图，我们需要画出地图。

3、气泡图，首先我们需要去理解什么是气泡图，气泡图其实就是与我们常用来去进行描述一件事物的特征的一个图形思维工具，它有助于帮助我们去更好的进行一个描述。

【R语言作图】富集分析结果直方图

1、最近小Q在做自然选择分析，分析完之后简单粗暴的对候选基因做了富集分析，并做了展示，比起气泡图，我模仿了另一种作图方式，显示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R语言画富集分析示意图（非气泡图）。

2、直方图(Histogram)，又称质量分布图，是一种统计报告图，由一系列高度不等的纵向条纹或线段组成，表示数据分布的情况。 一般用横轴(X轴)表示数据类型，纵轴(Y轴)表示分布(相应值的频数)情况。

3、R语言绘图系列：标度控制着数据到图形属性的映射，标度将我们的数据转化为视觉上可以感知的东西，比如大小、位置、颜色、形状等。标度也为我们提供了读图时所使用的工具，比如说坐标轴和图例。总的来说，可以称为引导元素。

4、利用R包rworldmap & rworldxtra来作图。已有的map数据中一个国家对应一个坐标，一个国家边界，利用这些已有数据+用户数据构建新的画图数据（其他新添加的图均是如此）。

5、步骤 新建一个空白的project，然后导入数据，可以粘贴复制，也可以用导入数据。请点击输入图片描述 选中数据--点 Plot Column/Bar/PieColumn，软件就会自动计算生成直方统计图。

转录组分析--GO及KEGG富集分析及可视化(包括条形图及气泡图)

clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。

GO分析的操作这里就不再赘述了，网上有很多相关的帖子，基本上常规的物种用clusterProfiler包就可以解决了。今天我想来谈谈如何可视化GO分析的结果。对于GO富集结果的可视化，最常见的就是用条形图和气泡图来展示部分关注的条目。

GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。

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