如何使用UPORA对peak进行注释

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UROPA是一个命令行工具,可以对基因组区域进行注释,这里的基因组区域要求是BED格式,比如chip,ATAC_seq等数据产生的peak区间。同时需要提供一个GTF格式的基因组注释信息,比如从UCSC,ensemble,ncbi等数据库下载的参考基因组文件。在注释结果中不仅给出了peak在基因组中的定位,还会给出对应的正负链,与基因的距离,对应的基因类型等较为全面的注释信息。官方文档网址如下

https://uropa-manual.readthedocs.io/introduction.html

该软件根据peak的中心与基因的相对位置,将peak的基因组定位划分为以下几种类型,示意如下

如何使用UPORA对peak进行注释

提供了多种安装方式,这里我采用的是直接拉取官方的docker镜像,用法如下

docker pull loosolab/uropa

该软件需要三个输入文件:

  1. GTF格式的注释文件

  2. BED格式的peak文件

  3. JSON格式的配置文件

用法也比较简便, 我使用官方的是测试数据,步骤如下

1. 下载GTF格式的基因组注释文件
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh47.75.gtf.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh47.75.gtf.gz
2.下载bed格式的peak区间文件
wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF966LMJ/@@download/ENCFF966LMJ.bed.gz
gunzip ENCFF966LMJ.bed.gz
3.  准备JSON格式的配置文件

配置文件内容如下

{
"queries": [
       {"feature":"gene", "distance":5000, "feature.anchor": "start", "show.attributes":"gene_name"},
       {"feature": "gene","distance":5000, "feature.anchor":"center"}],
"priority" : "False",
"gtf": "/home/soft/uropa/Homo_sapiens.GRCh47.75.gtf",
"bed": "/home/soft/research/uropa/ENCFF966LMJ.bed"
}

配置文件命名为config.json, 代码如下

docker run \
--rm \
-v /home:/home \
loosolab/uropa \
uropa \
-i /home/soft/uropa/config.json
\-p /home/soft/uropa/uropa

-i参数指定配置文件的路径,-p指定输出文件的前缀。输出文件如下

├── uropa_allhits.txt
├── uropa_besthits.txt
└── uropa_finalhits.txt

这三个文件内容相同,只是行数不同,内容示意如下

如何使用UPORA对peak进行注释

软件会自动给每一个peak一个id, 可以直观的看到peak与基因之间的关系,更多用法和细节请参考官方文档。

到此,相信大家对“如何使用UPORA对peak进行注释”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是创新互联网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!


网页题目:如何使用UPORA对peak进行注释
转载源于:http://scyanting.com/article/gdeide.html