LncCeRbase数据库怎么用
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lncRNA可以作为miRNA sponge与miRNA发生相互作用,通过竞争性的结合miRNA, 可以调控其他基因的表达量, 发挥ceRNA的调控功能。
随着ceRNA研究的不断进展,相关文献越来越多,LncCeRbase数据库收集整理已发表文献中人类相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA信息,网址如下
http://lnccerbase.it1004.com/front/
该数据库将ceRNA相关信息拆分成了以下4种类别
MiRNA
LncRNA
Gene
Disease
根据任意一种类别,都可以得到相关的ceRNA信息,示意如下
对于LncRNA
, 提供了RNAcentral
数据库的链接;对于miRNA
, 提供了mirBase
数据库的链接;对于Gene
,提供了NCBI
数据库的链接。
对于ceRNA
,给出了文献的标题,对应的疾病或者组织,发表期刊,pubmed Id。
通过这个数据库,我们可以得到lncRNA相关的ceRNA信息,既可以作为前期研究的一个调研,也可以通过别人发表的ceRNA文献,参考其中分析ceRNA的思路和策略。
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