OrthoFinder如何寻找同源基因
OrthoFinder如何寻找同源基因,针对这个问题,这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答,希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。
成都创新互联是专业的陇川网站建设公司,陇川接单;提供成都网站设计、网站建设、外贸网站建设,网页设计,网站设计,建网站,PHP网站建设等专业做网站服务;采用PHP框架,可快速的进行陇川网站开发网页制作和功能扩展;专业做搜索引擎喜爱的网站,专业的做网站团队,希望更多企业前来合作!
OrthoFinder与其它工具比较的结果见下图
安装运行OrthoFinder
1. 下载安装
https://github.com/davidemms/OrthoFinder
可以下载之后源码安装,也可以用conda安装:
conda install -y orthofinder
ps:强烈建议安装DIAMOND
2. 准备输入数据
OrthoFinder所需的输入数据很简单,把每个物种的蛋白序列放进单独的fasta文件中,然后把这些fasta文件放到一个目录下。fasta文件命名为对应的物种名。
3. 运行
orthofinder -f Dataset_ directory
如果你想更改线程数,使用-t参数即可修改。默认的比对工具是DIAMOND,你也可以通过-S指定blast等其他工具。其他参数详情可以运行 orthofinder -h 看到。
4. 结果文件
在结果文件夹中,Orthogroups文件夹里面有所有的同源基因信息,还贴心的单独给出了单拷贝同源基因信息。Gene_Trees 和 Species_Tree文件夹分别是单独的同源基因构建的tree已经整合所有同源基因构建的物种树。
Note:
1.可以指定-M参数来指定物种树的构建算法。OrthoFinder默认的方法是STAG算法。STAG整合了所有的同源基因(包括多拷贝基因),这种方法特别适合物种遗传距离较远,单拷贝同源基因很少甚至没有的情况。
同样,可以指定只使用单拷贝基因来构建物种树,-M raxml就会调用Raxml进行构建。
2. Orthogroups文件夹中的 Orthogroups.GeneCount.tsv 统计了同源基因在每个物种中的数目,可以利用这个文件很方便的挑选我们需要的基因。
关于OrthoFinder如何寻找同源基因问题的解答就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,如果你还有很多疑惑没有解开,可以关注创新互联行业资讯频道了解更多相关知识。
当前题目:OrthoFinder如何寻找同源基因
URL地址:http://scyanting.com/article/ghjgjo.html