python里用来画基因结构的模块是怎样的
python里用来画基因结构的模块是怎样的,相信很多没有经验的人对此束手无策,为此本文总结了问题出现的原因和解决方法,通过这篇文章希望你能解决这个问题。
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pip install dna_features_viewer
可以提供gff 格式 或者 genbank 格式 注释文件,也可以手动输入 基因各个特征的位置
from dna_features_viewer import GraphicFeature, GraphicRecord
features=[
GraphicFeature(start=0, end=20, strand=+1, color="#ffd700",
label="Small feature"),
GraphicFeature(start=20, end=500, strand=+1, color="#ffcccc",
label="Gene 1 with a very long name"),
GraphicFeature(start=400, end=700, strand=-1, color="#cffccc",
label="Gene 2"),
GraphicFeature(start=600, end=900, strand=+1, color="#ccccff",
label="Gene 3")
]
record = GraphicRecord(sequence_length=1000, features=features)
record.plot(figure_width=5)
这里遇到的问题是如何将图片保存下来呢?
可视化展示还有其他更丰富的功能,有时间再来探索
小明的数据分析笔记本
主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!
接下来是为了凑字数申请原创的一些内容
这个链接有许多关于python 做生物信息的内容,其中有一个简易版本的基因组浏览器,争取把代码实现一遍
http://dmnfarrell.github.io/
看完上述内容,你们掌握 python里用来画基因结构的模块是怎样的的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注创新互联行业资讯频道,感谢各位的阅读!
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