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Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:

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通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:

参数的用法介绍:

注意事项:

用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。

less命令用得最多 ,more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 :

需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键

less命令重要的补充用法2 :

参数用法:

less命令 不加参数 查看文件:

less命令加 -N参数 查看文件:显示行号

less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整

对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。

常见参数:

切记:用less命令,按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前:

排列后:

解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之,uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1:

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符

补充小知识 :

清屏 :control L

查看历史(输入过的)命令 :history

Linux命令有哪些

Linux运维人员必会的120个命令

来自《跟老男孩学Linux运维:核心系统命令实战》一书

前言

第1章 Linux命令行简介 / 1

1.1Linux命令行概述 / 1

1.2在Linux命令行下查看命令帮助 / 4

1.3Linux shutdown reboot halt / 9

关机:

shutdown -h now

halt

init 0

第2章 文件和目录操作命令 / 13

2.1pwd:显示当前所在的位置 / 13

2.2cd:切换目录 / 16

2.3tree:以树形结构显示目录下的内容 / 18

2.4mkdir:创建目录 / 22

2.5touch:创建空文件或改变文件的时间戳属性 / 27

2.6ls:显示目录下的内容及相关属性信息 / 30

2.7cp:复制文件或目录 / 39

2.8mv:移动或重命名文件 / 42

2.9rm:删除文件或目录 / 45

2.10rmdir:删除空目录 / 48

2.11ln:硬链接与软链接 / 49

2.12readlink:查看符号链接文件的内容 / 54

2.13find:查找目录下的文件 / 55

2.14xargs:将标准输入转换成命令行参数 / 68

2.15rename:重命名文件 / 71

2.16basename:显示文件名或目录名 / 72

2.17dirname:显示文件或目录路径 / 72

2.18chattr:改变文件的扩展属性 / 73

2.19lsattr:查看文件扩展属性 / 75

2.20file:显示文件的类型 / 76

2.21md5sum:计算和校验文件的MD5值 / 77

2.22chown:改变文件或目录的用户和用户组 / 80

2.23chmod:改变文件或目录权限 / 81

2.24chgrp:更改文件用户组 / 85

2.25umask:显示或设置权限掩码 / 86

2.26老男孩从新手成为技术大牛的心法 / 90

第3章 文件过滤及内容编辑处理命令 / 91

3.1cat:合并文件或查看文件内容 / 91

3.2tac:反向显示文件内容 / 103

3.3more:分页显示文件内容 / 104

3.4less:分页显示文件内容 / 107

3.5head:显示文件内容头部 / 109

3.6tail:显示文件内容尾部 / 111

3.7tailf:跟踪日志文件 / 114

3.8cut:从文本中提取一段文字并输出 / 115

3.9split:分割文件 / 117

3.10paste:合并文件 / 118

3.11sort:文本排序 / 123

3.12join:按两个文件的相同字段合并 / 127

3.13uniq:去除重复行 / 129

3.14wc:统计文件的行数、单词数或字节数 / 131

3.15iconv:转换文件的编码格式 / 133

3.16dos2unix:将DOS格式文件转换成UNIX格式 / 134

3.17diff:比较两个文件的不同 / 135

3.18vimdiff:可视化比较工具 / 138

3.19rev:反向输出文件内容 / 139

3.20tr:替换或删除字符 / 140

3.21od:按不同进制显示文件 / 143

3.22tee:多重定向 / 145

3.23vi/vim:纯文本编辑器 / 147

3.24老男孩逆袭思想:做Linux运维的多个好处 / 152

第4章 文本处理三剑客 / 153

4.1grep:文本过滤工具 / 153

4.2sed:字符流编辑器 / 159

4.3awk基础入门 / 165

第5章 Linux信息显示与搜索文件命令 / 176

5.1uname:显示系统信息 / 176

5.2hostname:显示或设置系统的主机名 / 178

5.3dmesg:系统启动异常诊断 / 179

5.4stat:显示文件或文件系统状态 / 181

5.5du:统计磁盘空间使用情况 / 183

5.6date:显示与设置系统时间 / 186

5.7echo:显示一行文本 / 190

5.8watch:监视命令执行情况 / 193

5.9which:显示命令的全路径 / 195

5.10whereis:显示命令及其相关文件全路径 / 196

5.11locate:快速定位文件路径 / 197

5.12updatedb:更新mlocate数据库 / 199

5.13老男孩逆袭思想:新手在工作中如何问问题不会被鄙视 / 200

第6章 文件备份与压缩命令 / 201

6.1tar:打包备份 / 201

6.2gzip:压缩或解压文件 / 208

6.3zip:打包和压缩文件 / 211

6.4unzip:解压zip文件 / 212

6.5scp:远程文件复制 / 214

6.6rsync:文件同步工具 / 216

6.7老男孩逆袭思想:新手如何高效地提问 / 220

第7章 Linux用户管理及用户信息查询命令 / 222

7.1 useradd:创建用户 / 222

7.2usermod:修改用户信息 / 227

7.3userdel:删除用户 / 229

7.4groupadd:创建新的用户组 / 230

7.5groupdel:删除用户组 / 231

7.6passwd:修改用户密码 / 232

7.7chage:修改用户密码有效期 / 237

7.8chpasswd:批量更新用户密码 / 238

7.9su:切换用户 / 240

7.10visudo:编辑sudoers文件 / 242

7.11sudo:以另一个用户身份执行命令 / 244

7.12id:显示用户与用户组的信息 / 248

7.13w:显示已登录用户信息 / 249

7.14who:显示已登录用户信息 / 250

7.15users:显示已登录用户 / 252

7.16whoami:显示当前登录的用户名 / 253

7.17last:显示用户登录列表 / 253

7.18lastb:显示用户登录失败的记录 / 254

7.19lastlog:显示所有用户的最近登录记录 / 255

第8章 Linux磁盘与文件系统管理命令 / 257

8.1fdisk:磁盘分区工具 / 257

8.2partprobe:更新内核的硬盘分区表信息 / 265

8.3tune2fs:调整ext2/ext3/ext4文件系统参数 / 266

8.4parted:磁盘分区工具 / 268

8.5mkfs:创建Linux文件系统 / 272

8.6dumpe2fs:导出ext2/ext3/ext4文件系统信息 / 274

8.7resize2fs:调整ext2/ext3/ext4文件系统大小 / 275

8.8fsck:检查并修复Linux文件系统 / 278

8.9dd:转换或复制文件 / 281

8.10mount:挂载文件系统 / 284

8.11umount:卸载文件系统 / 288

8.12df:报告文件系统磁盘空间的使用情况 / 289

8.13mkswap:创建交换分区 / 293

8.14swapon:激活交换分区 / 294

8.15swapoff:关闭交换分区 / 295

8.16sync:刷新文件系统缓冲区 / 296

第9章 Linux进程管理命令 / 298

9.1ps:查看进程 / 298

9.2pstree:显示进程状态树 / 305

9.3pgrep:查找匹配条件的进程 / 306

9.4kill:终止进程 / 307

9.5killall:通过进程名终止进程 / 310

9.6pkill:通过进程名终止进程 / 311

9.7top:实时显示系统中各个进程的资源占用状况 / 313

9.8nice:调整程序运行时的优先级 / 320

9.9renice:调整运行中的进程的优先级 / 323

9.10nohup:用户退出系统进程继续工作 / 324

9.11strace:跟踪进程的系统调用 / 325

9.12ltrace:跟踪进程调用库函数 / 332

9.13runlevel:输出当前运行级别 / 334

9.14init:初始化Linux进程 / 335

9.15service:管理系统服务 / 335

第10章 Linux网络管理命令 / 338

10.1ifconfig:配置或显示网络接口信息 / 338

10.2ifup:激活网络接口 / 343

ifup eth0

10.3ifdown:禁用网络接口 / 343

ifdown eth0

service network restart(/etc/init.d/network restart) 激活整个网络,所有网卡。

10.4route:显示或管理路由表 / 344

10.5arp:管理系统的arp缓存 / 350

10.6ip:网络配置工具 / 351

10.7netstat:查看网络状态 / 358

10.8ss:查看网络状态 / 362

10.9ping:测试主机之间网络的连通性 / 363

10.10traceroute:追踪数据传输路由状况 / 366

10.11arping:发送arp请求 / 367

10.12telnet:远程登录主机 / 369

10.13nc:多功能网络工具 / 370

10.14ssh:安全地远程登录主机 / 373

10.15wget:命令行下载工具 / 376

10.16mailq:显示邮件传输队列 / 379

10.17mail:发送和接收邮件 / 381

10.18nslookup:域名查询工具 / 386

10.19dig:域名查询工具 / 389

10.20host:域名查询工具 / 393

10.21nmap:网络探测工具和安全/端口扫描器 / 394

10.22tcpdump:监听网络流量 / 398

第11章 Linux系统管理命令 / 407

11.1lsof:查看进程打开的文件 / 407

11.2uptime:显示系统的运行时间及负载 / 411

11.3free:查看系统内存信息 / 411

11.4iftop:动态显示网络接口流量信息 / 413

11.5vmstat:虚拟内存统计 / 415

11.6mpstat:CPU信息统计 / 419

11.7iostat:I/O信息统计 / 420

11.8iotop:动态显示磁盘I/O统计信息 / 423

11.9sar:收集系统信息 / 425

11.10chkconfig:管理开机服务 / 430

11.11ntsysv:管理开机服务 / 433

11.12 setup:系统管理工具 / 434

11.13ethtool:查询网卡参数 / 436

11.14mii-tool:管理网络接口的状态 / 437

11.19rpm:RPM包管理器 / 443

11.20yum:自动化RPM包管理工具 / 446

top命令

第12章 Linux系统常用内置命令 / 450

12.1Linux内置命令概述 / 450

12.2Linux内置命令简介 / 450

12.3Linux常用内置命令实例 / 452

实训第二天内容总结(Linux常用命令及使用)

1、目录切换命令

cd usr/ 切换到该目录下usr目录

cd ../ 切换到上一层目录

cd /切换到系统根目录

cd ~ 切换到用户主目录

2、目录操作命令

(1)增加目录

命令:mkdir 目录名称

(2)查看目录

   ls [-al] 父目录   ls -l 可以缩写成ll

      (3)寻找目录

   find 目录 参数(重点)

   注意这里涉及权限问题,需要先切换到root目录 su root

        (4)修改目录名称

   mv 目录名称 新目录名称

        (5)拷贝目录

   cp -r 被目录名称 目录拷贝的目标位置 -----r代表                          递归拷贝

   将/usr下的newTest拷贝到根目录下的test中,使用cp -r                 /usr/newTest test/rm

        (6)删除目录

   rm [-rf] 目录

   删除/usr下的newTest,进入/usr下使用rm -r newTest

3、文件操作命令

        (1)文件创建  touch 文件名称 ----- 空文件

        (2)文件查看    cat/more/less/tail 文件

        (3)修改文件内容    vim 文件

    vim 文件------进入文件-----命令模式------按i进入编                     辑模式-----编辑文件 -------按Esc进入底行模式-----                      输入:wq/q!

        (4)删除文件

   熟记 rm -rf 文件 即可

4、压缩文件操作命令

           (1)tar -zcvf 打包压缩后的文件名 要打包压缩的文件

   z:调用gzip压缩命令进行压缩

c:打包文件

v:显示运行过程

f:指定文件名

        (2) 解压压缩包(重点)

   tar [-xvf] 压缩文件

5、其他命令

        (1)显示当前所在位置    pwd

        (2)搜索命令    grep 要搜索的字符串 要搜索的文件

        (3)管道命令 | 将前一个命令的输出作为本次目录的                      输入

        (4)查看进程     ps -ef

        (5)网络通信命令    查看当前系统的网卡信息:ifconfig

  查看与某台机器的连接情况:ping

        (6)查看当前系统的端口使用 netstat –an,通常和 |                 grep一起使用

6、Linux的权限命令

   在随意某个目录下ls -l  查看某个目录下的文件或目录                    的权限 rwx 读取权 写入权 执行权 

         这个字符串有10位,可以分为4段来解读

第一段(第1位)表示是目录还是文件,-表示是文件,d表示是目录;

第二段(第2-4位,共3个字符串)表示文件所属用户对它的权限 - 属主权限(User);

第三段(第5-7位,共3个字符串)表示文件所属用户组用户对它的权限 - 属组权限(Group);

第四段(第8-10位,共3个字符串)表示其他用户对它的权限 - 其他权限(other);

注意:①我们用3位8进制来表示文件的权限,r(read)用4标识,w(write)用2标识,x(excute)用1标识

②r–可读,w–可写,x–可执行。

③每一段的三位顺序不可变,如果没有对应的权限,则使用-表示

上图中的-rwxrw-r–可以用八进制数字764表示。

!!!!修改文件/目录的权限的命令:chmod

chmod u=rwx,g=rw,o=r aaa.txt 或者777 代表全部权限

7、 free查看内存信息

df -h 命令用于显示目前在 Linux 系统上的文件系统磁盘使用情况统计

8、top查看资源信息(CPU)

top

补充:

关机命令

reboot  重新启动操作系统

shutdown -h now 立刻关机,其中now相当于时间为0的状态

shutdown -h 10:23

shutdown -h +10  系统再过十分钟后自动关机

Linux命令

目录操作

    cd usr/                            切换到该目录下usr目录

    cd ..                                切换到上一层目录

    cd /                                切换到系统根目录

    mkdir 目录名称              创建目录

    ls      目录名称                查询该目录下所有的目录和文件

    ls [-a]  目录名称              查询该目录下所有的目录和文件,包含隐藏文件

    ls [-l]  目录名称              查询该目录下所有的目录和文件的详细信息

    find / -name 目录名称    查找/root下的目录(文件)

    mv 目录名称 新目录名称  修改目录名称

    mv 目录名称 目录的新位置      剪切

    cp -r 目录名称 目录的目标位置  拷贝

    rm -rf  目录                  强制删除目录

文件操作

    touch 文件名称            创建空文件

    cat/more/less/tail 文件  查看文件内容

    tail -f 文件                  动态查看/实时查看文件(日志)

    grep 要搜索的字符串 要搜索的文件                关键字搜索

    vi/vim  文件                修改文件内容

    rm -rf 文件                强制删除文件

文件的打包

    tar -zcvf 文件名.tar  要打包的文件

文件的解压 

    tar -xvf 文件名.tar

扩充:将文件解压到固定位置

    tar -xvf 文件名.tar -C 指定解压的位置

查询当前所在位置

    pwd     

查看进程

    ps -ef | grep 进程名称(tomcat/mysql)

杀死进程

    kill -9 进程pid

查看端口号

    netstat -an | grep 端口号(3306)

查看服务器ip

    ifconfig

查看网络是否能正常使用

    ping 外网地址            查看是否能访问外网

    ping 内网ip                查看是否能访问内网

权限命令

    chmod 777 文件        赋权

查看cpu

    top

查看磁盘信息

    df -h

查看内存信息

    free   

关机命令

    shutdown -h now  立刻关机,其中now相当于时间为0的状态

    shutdown -h 10:23

    shutdown -h +10    系统再过十分钟后自动关机

重新启动

    reboot    重新启动操作系统

Linux常用的九个高级命令

top命令是Linux下常用的性能分析工具,能够实时显示系统中各个进程的资源占用状况

iostat工具将对系统的磁盘操作活动进行监视。它的特点是汇报磁盘活动统计情况,同时也会汇报出CPU使用情况。

Netstat 命令用于显示各种网络相关信息,如网络连接,路由表,接口状态 (Interface Statistics),masquerade 连接,多播成员 (Multicast Memberships) 等等。

Linux df(英文全拼:disk free) 命令用于显示目前在 Linux 系统上的文件系统磁盘使用情况统计。

find命令用来在指定目录下查找文件。任何位于参数之前的字符串都将被视为欲查找的目录名。如果使用该命令时,不设置任何参数,则 find 命令将在当前目录下查找子目录与文件。并且将查找到的子目录和文件全部进行显示。

crontab是用来定期执行程序的命令。


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