如何在linux环境下安装R包

RPM 安装操作 命令： rpm -i 需要安装的包文件名 举例如下： rpm -i example.rpm 安装 example.rpm 包； rpm -iv example.rpm 安装 example.rpm 包并在安装过程中显示正在安装的文件信息； rpm -ivh example.rpm 安装 example.rpm 包并在安装过...

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Linux安装R包TwoSampleMR遇见的报错

    最近一位老友在倒腾GWAS的研究，发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析，让我在Linux系统上帮忙安装下，根据网页的安装提示进行操作（），在操作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案，在此文特此记录：

运行后出现报错信息如下：

解决步骤1：

    重新安装gmp，最初开始用BiocManager::install("gmp")，出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see ”，查阅资料过后解决方案用conda安装gmp，操作命令如下

解决步骤2：

  接下来重新安装iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安装

解决步骤3：

 接下来重新安装Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”，查阅资料后改用conda安装，操作命令如下

解决步骤4：

  最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR，成功安装，library导入后，出现如下信息。

linux服务器安装R语言及Rstudio server

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server

cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本

wget

checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no

configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

6.安装

make

make install

安装成功！

R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。

q() ##退出R编辑

7.安装R-studio-server

wget

yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

8.R-studio-server的一些命令

rstudio-server start ##启动 rstudio

rstudio-server stop ## 关闭rstudio

rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态

运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动

rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误

rstudio-server restart ##重启

ifconfig ##查看服务器ip地址。

查看运行中R进程

rstudio-server active-sessions

指定PID，停止运行中的R进程

rstudio-server suspend-session pid

停止所有运行中的R进程

rstudio-server suspend-all

强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行

rstudio-server force-suspend-session pid

rstudio-server force-suspend-all

RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示

rstudio-server offline

RStudio Server临时上线

rstudio-server online

8.rstudio-server系统设置

主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改）

/etc/rstudio/rserver.conf

/etc/rstudio/rsession.conf

vi /etc/rstudio/rserver.conf

www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改

www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0

rstudio-server restart

vi /etc/rstudio/rsession.conf

session-timeout-minutes=30#会话超时时间

r-cran-repos= #CRAN资源库

rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。

9.通过浏览器连接Rstudio-server

直接打开浏览器，输入;服务器ip:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。

这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项：

（1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录

（2）.用户的认证可以使用RSA。

如果没有普通用户，可以添加：

useradd newname # 添加一个名为newname的用户

passwd newname ###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。

usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中，

在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。

10可能存在的问题

10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来

rstudio-server verify-installation

There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that

it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not

configure with --enable-R-shlib.

这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib.

这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1".

使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。

10.2 普通用户无法启动rstudio-server

sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令

这时会需要输入密码并提示

xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.

如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。

su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。

chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限

vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。

找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)

youuser ALL=(ALL) ALL

%youuser ALL=(ALL) ALL

youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL

%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL

chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

Linux安装基本命令

Linux安装基本命令大全

Linux常用命令，你还能记得多少呢?下文是我为大家准备的Linux常用命令，一起来看看吧!

安装升级

查看软件xxx安装内容

dpkg -L xxx

查找软件库中的软件

apt-cache search 正则表达式

或

aptitude search 软件包

显示系统安装包的统计信息

apt-cache stats

显示系统全部可用包的名称

apt-cache pkgnames

显示包的信息

apt-cache show k3b

查找文件属于哪个包

dpkg -S filename

apt-file search filename

查看已经安装了哪些包

dpkg -l

也可用

dpkg -l | less

翻页查看

查询软件xxx依赖哪些包

apt-cache depends xxx

查询软件xxx被哪些包依赖

apt-cache rdepends xxx

增加一个光盘源

sudo apt-cdrom add

系统更新

sudo apt-get update (这一步更新包列表)

sudo apt-get dist-upgrade (这一步安装所有可用更新)

或者

sudo apt-get upgrade (这一步安装应用程序更新，不安装新内核等)

清除所有已删除包的残馀配置文件

dpkg -l |grep ^rc|awk '{print $2}' |sudo xargs dpkg -P

如果报如下错误，证明你的系统中没有残留配置文件了，无须担心。

----------------------------------------------------------

dpkg: --purge needs at least one package name argument

Type dpkg --help for help about installing and deinstalling packages [*];

Use `dselect' or `aptitude' for user-friendly package management;

Type dpkg -Dhelp for a list of dpkg debug flag values;

Type dpkg --force-help for a list of forcing options;

Type dpkg-deb --help for help about manipulating *.deb files;

Type dpkg --license for copyright license and lack of warranty (GNU GPL) [*].

Options marked [*] produce a lot of output - pipe it through `less' or `more' !

----------------------------------------------------------

编译时缺少h文件的自动处理

sudo auto-apt run ./configure

查看安装软件时下载包的临时存放目录

ls /var/cache/apt/archives

备份当前系统安装的所有包的列表

dpkg --get-selections | grep -v deinstall ~/somefile

从上面备份的安装包的列表文件恢复所有包

dpkg --set-selections ~/somefile

sudo dselect

清理旧版本的软件缓存

sudo apt-get autoclean

清理所有软件缓存

sudo apt-get clean

删除系统不再使用的孤立软件

sudo apt-get autoremove

如果使用

sudo apt-get autoremove --purge

的话会把这些孤立软件的残留配置文件也一并移除

查看包在服务器上面的地址

apt-get -qq --print-uris download 软件包名称 | cut -d\' -f2

彻底删除Gnome

sudo apt-get --purge remove liborbit2

彻底删除KDE

sudo apt-get --purge remove libqt3-mt libqtcore4

一键安装 LAMP 服务

sudo tasksel install lamp-server

删除旧内核

sudo aptitude purge ~ilinux-image-.*\(\!\(`uname -r`\|generic-.*\)\)

导入ppa源的'key值

#W: GPG签名验证错误： jaunty Release: 由于没有公钥，下列签名无法进行验证： NO_PUBKEY 5126890CDCC7AFE0

sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver keyserver.ubuntu.com 5126890CDCC7AFE0 #5126890CDCC7AFE0替换为你需要导入的Key值

增加 add-apt-repository 命令

sudo apt-get install software-properties-common

增加一个ppa源

sudo add-apt-repository ppa:user/ppa-name

#使用 ppa 的地址替换 ppa:user/ppa-name

添加163镜像源

sudo add-apt-repository "deb `lsb_release -cs` main restricted universe multiverse"

sudo add-apt-repository "deb `lsb_release -cs`-updates main restricted universe multiverse"

sudo add-apt-repository "deb `lsb_release -cs`-security main restricted universe multiverse"

系统升级

1 这里指的是版本间的升级，例如 9.04=10.04。

2 使用该升级方式通常需要使用 backports 源。

sudo apt-get update

sudo apt-get install update-manager-core

sudo do-release-upgrade

系统

查看内核

uname -a

查看系统是32位还是64位

#查看long的位数，返回32或64

getconf LONG_BIT

#查看文件信息，包含32-bit就是32位，包含64-bit就是64位

file /sbin/init

或者使用

uname -m

查看Ubuntu版本

lsb_release -a

或 cat /etc/lsb-release

查看内核加载的模块

lsmod

查看PCI设备

lspci

查看USB设备

lsusb

#加参数 -v 可以显示USB设备的描述表(descriptors)

lsusb -v

查看网卡状态

sudo apt-get install ethtool

sudo ethtool eth0

激活网卡的 Wake-on-LAN

sudo apt-get install wakeonlan

或 sudo ethtool -s eth0 wol g

查看CPU信息

cat /proc/cpuinfo

显示当前硬件信息

sudo lshw

查看内存型号

sudo dmidecode -t memory

获取CPU序列号或者主板序列号

#CPU ID

sudo dmidecode -t 4 | grep ID

#Serial Number

sudo dmidecode | grep Serial

#CPU

sudo dmidecode -t 4

#BIOS

sudo dmidecode -t 0

#主板：

sudo dmidecode -t 2

#OEM:

sudo dmidecode -t 11

显示当前内存大小

free -m |grep "Mem" | awk '{print $2}'

查看硬盘温度

sudo apt-get install hddtemp

sudo hddtemp /dev/sda

显示系统运行时间

uptime

查看系统限制

ulimit -a

查看内核限制

ipcs -l

查看当前屏幕分辨率

xrandr

硬盘

查看块设备

lsblk

查看硬盘的分区

sudo fdisk -l

硬盘分区

#危险!小心操作。

sudo fdisk /dev/sda

硬盘格式化

#危险!将第一个分区格式化为 ext3 分区, mkfs.reiserfs mkfs.xfs mkfs.vfat

sudo mkfs.ext3 /dev/sda1

硬盘检查

#危险!检查第一个分区，请不要检查已经挂载的分区，否则容易丢失和损坏数据

sudo fsck /dev/sda1

硬盘坏道检测

sudo badblocks -s -v -c 32 /dev/sdb

#得到坏的块后，使用分区工具隔离坏道。

分区挂载

sudo mount -t 文件系统类型 设备路经 访问路经

#常用文件类型如下： iso9660 光驱文件系统, vfat fat/fat32分区, ntfs ntfs分区, smbfs windows网络共享目录, reiserfs、ext3、xfs Linux分区

#如果中文名无法显示尝试在最後增加 -o nls=utf8 或 -o iocharset=utf8

#如果需要挂载後，普通用户也可以使用，在 -o 的参数後面增加 ,umask=022 如：-o nls=utf8,umask=022

分区卸载

sudo umount 目录名或设备名

只读挂载ntfs分区

sudo mount -t ntfs -o nls=utf8,umask=0 /dev/sdb1 /mnt/c

可写挂载ntfs分区

sudo mount -t ntfs-3g -o locale=zh_CN.utf8,umask=0 /dev/sdb1 /mnt/c

挂载fat32分区

sudo mount -t vfat -o iocharset=utf8,umask=0 /dev/sda1 /mnt/c

挂载共享文件

sudo mount -t smbfs -o username=xxx,password=xxx,iocharset=utf8 //192.168.1.1/share /mnt/share

挂载ISO文件

sudo mount -t iso9660 -o loop,utf8 xxx.iso /mnt/iso

查看IDE硬盘信息

sudo hdparm -i /dev/sda

查看软raid阵列信息

cat /proc/mdstat

参看硬raid阵列信息

dmesg |grep -i raid

cat /proc/scsi/scsi

查看SATA硬盘信息

sudo hdparm -I /dev/sda

或

sudo apt-get install blktool

sudo blktool /dev/sda id

查看硬盘剩余空间

df

df --help 显示帮助

查看目录占用空间

du -hs 目录名

闪盘没法卸载

sync

fuser -km /media/闪盘卷标

使用文件来增加交换空间

#创建一个512M的交换文件 /swapfile

sudo dd if=/dev/zero of=/swapfile bs=1M count=512

sudo mkswap /swapfile

sudo swapon /swapfile

#sudo vim /etc/fstab #加到fstab文件中让系统引导时自动启动

/swapfile swap swap defaults 0 0

查看硬盘当前读写情况

# 首先安装 sysstat 包

sudo apt-get install sysstat

#每2秒刷新一次

sudo iostat -x 2

测试硬盘的实际写入速度

dd if=/dev/zero of=test bs=64k count=512 oflag=dsync

进程

查看当前的内存使用情况

free

连续监视内存使用情况

watch -d free

# 使用 Ctrl + c 退出

动态显示进程执行情况

top

top指令运行时输入H或?打开帮助窗口，输入Q退出指令。

查看当前有哪些进程

ps -AFL

查看进程的启动时间

ps -A -opid,stime,etime,args

查看目前登入用户运行的程序

w

查看当前用户程序实际内存占用，并排序

ps -u $USER -o pid,rss,cmd --sort -rss

统计程序的内存耗用

ps -eo fname,rss|awk '{arr[$1]+=$2} END {for (i in arr) {print i,arr[i]}}'|sort -k2 -nr

按内存从大到小排列进程

ps -eo "%C : %p : %z : %a"|sort -k5 -nr

列出前十个最耗内存的进程

ps aux | sort -nk +4 | tail

按cpu利用率从大到小排列进程

ps -eo "%C : %p : %z : %a"|sort -nr

ps aux --sort -pcpu |head -n 20

查看当前进程树

pstree

中止一个进程

kill 进程号(就是ps -A中的第一列的数字)

或者 killall 进程名

强制中止一个进程(在上面进程中止不成功的时候使用)

kill -9 进程号

或者 killall -9 进程名

图形方式中止一个程序

xkill 出现骷髅标志的鼠标，点击需要中止的程序即可

查看进程打开的文件

lsof -p 进程的pid

显示开启文件abc.txt的进程

lsof abc.txt

显示22端口现在运行什么程序

lsof -i :22

显示nsd进程现在打开的文件

lsof -c nsd

在後台运行程序，退出登录後，并不结束程序

nohup 程序

#查看中间运行情况　tail nohup

在后台运行交互式程序，退出登录后，并不结束程序

sudo apt-get install screen

screen vim a.txt

#直接退出后使用

screen -ls # 2208pxs-0.ubuntu (Detached)

screen -r 1656 #恢复

#热键，同时按下Ctrl和a键结束后，再按下功能键

C-a ? #显示所有键绑定信息

C-a w #显示所有窗口列表

C-a C-a #切换到之前显示的窗口

C-a c #创建一个新的运行shell的窗口并切换到该窗口

C-a n #切换到下一个窗口

C-a p #切换到前一个窗口(与C-a n相对)

C-a 0..9 #切换到窗口0..9

C-a a #发送 C-a到当前窗口

C-a d #暂时断开screen会话

C-a k #杀掉当前窗口

在后台运行交互式程序，退出登录后，并不结束程序

tmux 进入后再运行其它命令

tmux attach #恢复

#热键，同时按下Ctrl和b键结束后，再按下功能键

C-b c #创建一个新的运行shell的窗口并切换到该窗口

C-b n #切换到下一个窗口

C-b p #切换到前一个窗口(与C-a n相对)

C-b 0..9 #切换到窗口0..9

C-b d #暂时断开会话

C-b #杀掉当前窗口

详细显示程序的运行信息

strace -f -F -o outfile

增加系统最大打开文件个数

#ulimit -SHn

sudo vim /etc/security/limits.conf

文件尾追加

* hard nofile 4096

* soft nofile 4096

sudo vim /etc/pam.d/su

将 pam_limits.so 这一行注释去掉

重起系统

清除僵尸进程

ps -eal | awk '{ if ($2 == "Z") {print $4}}' | xargs sudo kill -9

将大于120M内存的php-cgi都杀掉

ps -eo pid,fname,rss|grep php-cgi|grep -v grep|awk '{if($3=120000) print $1}' | xargs sudo kill -9

Linux系统中如何限制用户进程CPU占用率

renice +10 `ps aux | awk '{ if ($3 0.8 id -u $1 500) print $2}'`

#或直接编辑/etc/security/limits.conf文件。 ;

Linux系统R语言安装（Ubuntu 18.04，apt安装）

首先创建CPAN的环境

然后进行R语言主程序的安装：

将CRAN上R包的index读取到本地：

R包安装（示例）：

以上

【生信基础】conda 安装R和R包

conda 安装R环境，主要命令如下：

2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行

3.安装所需要的包

4.关闭此环境

安装完R环境后，export 相应的path，如下

安装相关的包，例如ballgown：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ballgown")

注意，如果不export 相应的path，R安装包时很容易找不到相应的程序，如：

/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found

本文题目：linux安装r包的命令 linux安装R包
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