R语言GO弦图 go分析r语言作图
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle
查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理
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观察结论:
观察自己的两个数据表:
table.legend 设置为T时会显示表格
本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成,没有用R中的拼图包
R语言如何调整弦图label方向
Label1.Font="宋体" Label1.FontSize=20 Label1.ForeColor=vbRed 自己调节相应的值就可以了 那个颜色调节也可以这样 Label1.ForeColor=RGB(红色比例,绿色比例,蓝色比例) 三个比例数值在0-255间取值
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题
前面我给大家详细介绍过
☞GO简介及GO富集结果解读
☞四种GO富集柱形图、气泡图解读
☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图
☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图
☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
☞ GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。
dotplot这个函数,多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。
是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道
同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
差异分析16-1
rm(list = ls())
load(file = "step2output.Rdata")
需要表达矩阵和Group,不需要改(固定四步操作)
为deg数据框添加几列
标记我想要标记的基因名
1.GO 富集分析----
(1)输入数据
(2)富集
(3)可视化
2.KEGG pathway analysis----
3.gsea作kegg和GO富集分析----
4.能看懂的资料越来越多----
GSEA学习更多:
富集分析学习更多:
弦图:
GOplot:
网上的资料和宝藏无穷无尽,学好R语言慢慢发掘~
AnnoProbe包拓展运用:三种函数
小洁老师自制r包,简化全过程16-3 12:00
网站名称:R语言GO弦图 go分析r语言作图
文章网址:http://scyanting.com/article/hgppjp.html