my.cnf是MySQL服务器在unix平台下默认的配置文件的文件名。

输入my_print_defaults可以得出mysql server启动时所读取的my.cnf的顺序：（一般为该四个，根据安装方式、OS发行版、mysql版本而定）
或者 


/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf /usr/local/mysql/my.cnf（有的版本写作/usr/local/mysql/etc/my.cnf） ~/.my.cnf 

也就是说，先读取/etc/my.cnf，再去读/etc/mysql/my.cnf，第三个读/usr/local/mysql/my.cnf，其中，第三个为basedir，即mysql安装目录。
第四个为~/.my.cnf，这个~即为/home/$USERNAME，而$USERNAME为服务器启动用户。


在手册中给出的顺序是（由上至下读取）




但通用的读取先后顺序为：
/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf ~/.my.cnf 
省略部分路径。

其中/etc/my.cnf与/etc/mysql/my.cnf为全局选项文件
而~/.my.cnf为用户选项文件


场景一：
Global options与Global options同时存在。
即/etc/my.cnf与/etc/mysql/my.cnf同时存在

疑问：如果/etc/my.cnf存在，还会去找/etc/mysql/my.cnf吗？
如果是，那么是直接使用/etc/mysql/my.cnf文件
还是先使用/etc/my.cnf，再用/etc/mysql/my.cnf中呢？如果参数相同，后者覆盖前者吗？


实验：
/etc/my.cnf
[mysqld]
long_query_time = 15
slow_query_log  = on
autocommit = off

/etc/mysql/my.cnf
[mysqld]
long_query_time = 12
slow_query_log = on


查询：



此时先用了/etc/my.cnf中的autocommit=off。
虽然slow_query_log都有设置，但是参数相同，/etc/mysql/my.cnf优先级更大，故为12s。


继续实验：
删除/etc/my.cnf


$ sudo mv /etc/my.cnf /etc/my.cnf.bk


重启服务器，查询：


此时只用了/etc/mysql/my.cnf。




场景二：
Global options与User-specific options同时存在
即/etc/my.cnf与~/.my.cnf同时存在


实验：
同样先删除其他配置文件，确保只剩如下两个位置：

/etc/my.cnf
[mysqld]
long_query_time = 15
slow_query_log  = on
autocommit = off


~/.my.cnf
[mysqld]
long_query_time = 12
slow_query_log = on


编辑好后保存退出

查询：





autocommit默认是on
long_query_time默认是10


说明/etc/my.cnf已经生效
autocommit = off
虽然有设置
long_query_time = 15


但是
~/.my.cnf
中有设置
long_query_time = 12
故~/.my.cnf也有生效，在存在相同选项时，优先级高于Global options的/etc/my.cnf。


结论：
当多个my.cnf存在时：
Global options与User-specific options同时存在时，User-specific options优先级高于Global options并两者都会读取，若选项相同，则优先级高者覆盖前者
虽然/etc/my.cnf与/etc/mysql/my.cnf均为Global options，但是规则也同样和Global options与User-specific options一致。




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新闻名称：mysql多个参数选项文件my.cnf优先级研究
文章来源：http://scyanting.com/article/ihcdpe.html