R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数

R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。

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 接下来是文字版

第一步是做相关性分析,获得相关系数

R语言里做相关性分析需要准备的数据格式如下:每行是一个样本,每列是一个变量,存储到excel中,然后另存为csv格式数据

R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数  
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需要示例数据的可以直接在文末留言

 首先是读入数据
df<-read.csv("example_data/cor_plot_example.csv",
             header=T,
             row.names = 1)
df
   相关性分析

直接用cor()函数获得相关系数矩阵

cordf<-cor(df)
cordf
   相关系数矩阵是宽格式的数据,ggplot2作图通常是长格式数据,把宽格式变成长格式直接使用reshape2包中的melt()函数就可以了
plotdf<-reshape2::melt(cordf)
plotdf
   接下来就是用ggplot2画图了

最基本的热图

library(ggplot2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))
 
R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数  
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 更改配色
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")
 
R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数  
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 将相关系数的数值作为文字标签
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))
 
R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数  
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 相关系数的小数位数太多,我们只保留两位
plotdf$value<-round(plotdf$value,2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))
 
R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数  
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 这样最基本的热图就做好了,接下来是简单的美化

包括去掉灰色背景,去掉坐标轴的标题和小短线

ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank())
 
R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数   

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