GtRNAdb:tRNA数据的示例分析
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GtRNAdb收录了不同物种的tRNA序列信息,这些tRNA都是通过tRNAscan-SE 2.0软件预测得到,官网如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/
最新版本收录了超过4300个物种的tRNA序列,详细统计信息如下
通过该网站,我们可以检索物种对应的tRNA结果,也可以进行BLAST比对。
1. 检索功能
支持通过物种进行检索,根据进化关系,筛选感兴趣的物种,链接如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/browse.html
点击三角符号展开,然后筛选相应的次级分类即可。以hg38为例,检索结果链接如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Hsapi38/
通过左侧的菜单栏,可以详细查看对应的信息。通过FASTA Seqs
菜单,可以下载tRNA序列。
2. blast 比对功能
通过比对tRNA数据库,确定输入序列类型,链接如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/blast.html
需要注意的是,在某些物种中,存在由tRNA衍生出来的重复序列,这些序列一级结构与tRNA非常接近,所以在tRNAscan-SE的预测结果中,会存在部分假阳性结果。GtRNAdb利用特定算法,对tRNAscan-SE直接预测的结果进行了一个过滤,降低了假阳性率。
对于数据库中已知的物种,建议直接利用数据库中的序列就好;对于数据库中没有的物种,再直接用tRNAscan-SE 进行预测。
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文章题目:GtRNAdb:tRNA数据的示例分析
标题URL:http://scyanting.com/article/jipgoc.html