KEGGReaction数据库的原理是什么

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KEGG Reaction 是收录酶促反应相关信息的数据库,包含了所有代谢通路中的酶促反应和一些只在enzyme 数据库中有记录的酶促反应,每条记录用R Number 唯一标识。

R00259 的详细记录如下:

KEGG Reaction 数据库的原理是什么

每个字段的含义如下:

EntryR00259
Name名称
Definition定义
Equation表达式
Reation Class分类信息
Enzyme酶促反应对应的酶
Pathway包含该反应的通路
Module对应的module 数据库的信息
Orthology酶对应的KO信息
other DBs第三方数据库

这里有一个Reaction Class 的概念,kegg 根据反应两边化学物质转换的模式将酶促反应进行了分类。这个转换的模式叫做RDM 模式,R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。

kegg 官网给出了如下的示意图:

KEGG Reaction 数据库的原理是什么

在理解上面这幅图之前,我们必须了解kegg atom type 这个概念。 kegg 对C, N, O, P, S 这5种原子根据相连的基团进行了分类,这个分类就是atom type;
完整的latom type 详见以下链接

http://www.genome.jp/kegg/reaction/KCF.html

这里我列出了上面示意图中涉及到的相关条目

C1aR-CH3
C1bR-Ch3-R
C1cR-CH(-R)-R
C5aR-C(=O)-R
C6aR-C(=O)-OH
N1aR-NH2
N1bR-NH-R
O5aR-c(=O)-R
O6aR-C(=0)-OH


R  代表对应的原子,比如C1a 中,R 代表C原子, N1a 中的R 代表N 原子。

R00259对应的酶促反应中,出现了C00025 转化成 C00624 的情况,这两种物质转换对应的RDM模型是怎么样的呢?

首先将物质的结构式转换成atom type 的表示模式,其实就是将分子中的每个C, N, O, P, S 用对应的atom type 表示,然后观察反应前后对应的R, D, M 分别是什么元素,就能得到对应的RDM模型。通过RDM 模型就能知道这个反应对应的Reaction Class。如何准确的判断两种物质转换对应的RDM模型,官网上也没有非常详细的说明,这里我们简单理解,知道是根据这个概念对应reaction 进行分类的就可以了。

总结

1.Reaction数据库记录了酶促反应的信息,每个反应用R Number 标识;
2.对于所有的酶促反应,kegg 通过RDM 模型对其进行了分类。

上述就是小编为大家分享的KEGG Reaction 数据库了,如果刚好有类似的疑惑,不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道。


文章题目:KEGGReaction数据库的原理是什么
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